Vuonna 2000 alkoivat Suomen Luther-säätiön jumalanpalvelukset. Papit olivat kansankirkon pappeja ja kokoonnuttiin kansankirkon tiloissa. Suomen ev.lut. kirkon myllerrysten keskellä tarkoitus oli mahdollistaa pääsy luterilaiseen jumalanpalvelukseen kirkon tuntomerkkien äärelle.
Vuosien saatossa organisatorinen yhteys Suomen ev.lut. kirkkoon on katkennut ja samalla Lähetyshiippakunnan oma kirkollinen identiteetti vahvistunut. Luther-säätiön toiminnan pohjalta perustettiin vuonna 2013 Suomen evankelisluterilainen lähetyshiippakunta. Hiippakuntajärjestyksessä todetaan Lähetyshiippakunnan olevan itsenäinen luterilainen kirkko.
Viralliselta järjestäytymismuodoltaan Lähetyshiippakunta on rekisteröimätön yhdistys ja sen taloutta ja juridisia velvoitteita hoitaa Suomen Luther-säätiö, joka huolehtii myös työnantajavastuista.
Lähetyshiippakunnassa on keskusteltu siitä, mikä olisi sille paras tapa järjestäytyä. Kun organisaation tasolla yhteyttä ei enää ole Suomen ev.lut. kirkkoon, niin olisiko Lähetyshiippakunnan mielekästä rekisteröityä uskonnolliseksi yhdyskunnaksi? Mitä hyviä ja huonoja puolia siinä olisi? Mihin kaikkeen se vaikuttaisi?
Lähetyshiippakunnassa on nimetty komitea tutkimaan asiaa. Sen työn pohjalta on nyt syntynyt raportti seurakunnissa käytävän keskustelun tueksi. Studiossa aiheesta ovat keskustelemassa hiippakuntadekaani Joel Kerosuon kanssa komitean jäsenet, pastori ja varatuomari Jyrki Anttinen, sekä pastori Otto Granlund.
